中國科學(xué)院微生物研究所（以下簡稱微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中國科學(xué)院應(yīng)用真菌研究所和中國科學(xué)院北京微生物研究室，目前已發(fā)展成為一個具有雄厚基礎(chǔ)、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學(xué)研究和微生物技術(shù)研發(fā)機構(gòu)。 

 

　　微生物所堅持“微生物、高科技、大產(chǎn)業(yè)”的戰(zhàn)略定位，面向工業(yè)升級、農(nóng)業(yè)發(fā)展、人口健康和環(huán)境保護等國家重大需求，瞄準微生物學(xué)科的發(fā)展前沿，以微生物資源、微生物技術(shù)、病原微生物與免疫為主要研究領(lǐng)域，在研究微生物生物多樣性、基本生命特征和生態(tài)功能的基礎(chǔ)上，努力創(chuàng)建從微生物資源開發(fā)、功能改造和利用、生物技術(shù)創(chuàng)新到成果轉(zhuǎn)化的自主研發(fā)體系，創(chuàng)建世界一流的微生物學(xué)研究中心和微生物生物技術(shù)研發(fā)基地。

 

　微生物所設(shè)有微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、真菌學(xué)國家重點實驗室、中國科學(xué)院微生物生理與代謝工程重點實驗室、植物基因組學(xué)國家重點實驗室（與中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所共建）、中國科學(xué)院病原微生物與免疫學(xué)重點實驗室五個重點實驗室，另設(shè)有技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心、微生物資源與大數(shù)據(jù)中心。同時有依托微生物所建設(shè)中國科學(xué)院—發(fā)展中國家科學(xué)院生物技術(shù)卓越中心、中國科學(xué)院—發(fā)展中國家科學(xué)院新發(fā)突發(fā)傳染病研究與交流卓越中心和中國科學(xué)院流感研究與預(yù)警中心。研究所擁有亞洲 很大的、近52萬號標本的菌物標本館和國內(nèi) 很大的、保藏了近6.1萬株菌的中國普通微生物菌種保藏管理中心，建有網(wǎng)絡(luò)信息中心、大型儀器中心和生物安全三級實驗室、SPF實驗動物房等技術(shù)支撐平臺，擁有一個藏書（刊）5萬余冊的專業(yè)性圖書館。 

 

　　2018年，微生物所結(jié)合研究所“十三五”戰(zhàn)略規(guī)劃，在社會可持續(xù)發(fā)展、人類健康、制造業(yè)轉(zhuǎn)型升級和農(nóng)業(yè)發(fā)展方式轉(zhuǎn)變等領(lǐng)域，繼續(xù)發(fā)揮了微生物生物技術(shù)專長，創(chuàng)新了一系列微生物生物技術(shù)，一三五規(guī)劃取得重大突破進展。其中包括：高附加值化學(xué)品工業(yè)生產(chǎn)菌株的產(chǎn)能提升，高附加值氨基酸及其衍生物的生物合成，流感等動物源性新突發(fā)傳染性病原跨種感染、傳播及致病的分子機制。 

 

　　2018年，微生物所主導(dǎo)了中國科學(xué)院微生物組計劃先期實施，發(fā)揮科技智庫功能，服務(wù)國家科技戰(zhàn)略和科技政策的制定。中國科學(xué)院重點部署項目“人體與環(huán)境健康的微生物組共性技術(shù)研究”暨“中國科學(xué)院微生物組計劃”已經(jīng)正式啟動。項目將淬煉一支富有國際競爭力的微生物組研究團隊，凝練出一批先進的微生物組研究成果、技術(shù)和方法，為中國微生物組計劃的誕生發(fā)揮先導(dǎo)和引領(lǐng)作用，推動我國在全球微生物組研究的競爭中實現(xiàn)從“跟跑到并跑，乃至領(lǐng)跑”。